Στο Τμήμα λειτουργεί Πρόγραμμα Διδακτορικών Σπουδών, σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις και τη νομοθεσία. Η διδακτορική έρευνα προσφέρεται δωρεάν και θα πρέπει να συντελεί στην προαγωγή της επιστήμης, στη συγκρότηση επιστημόνων ικανών να συμβάλουν στην πρόοδο της έρευνας και των εφαρμογών, και να είναι δημοσιεύσιμη σε υψηλού κύρους διεθνή συνέδρια και επιστημονικά περιοδικά.
Θέσεις άμισθων υποψηφίων διδακτόρων προκηρύσσονται δύο φορές το χρόνο, μετά από απόφαση της Συνέλευσης, σε αντικείμενα που θεραπεύονται ερευνητικά από τα μέλη ΔΕΠ του Τμήματος.